หลังจากพ้นจากตำแหน่งอธิการบดีแห่งจุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัยโดยจอมพล แปลก พิบูลสงคราม มาดำรงตำแหน่งแทนศาสตราจารย์ เอลลิส ได้กลับไปทำงานที่คณะแพทยศาสตร์ศิริราชพยาบาลอีกระยะหนึ่ง โดยผลงานชิ้นสุดท้ายของท่านได้แก่บทความที่กล่าวถึงพระราชกรณียกิจด้านการแพทย์ของสมเด็จพระราชบิดาและเมื่อสัญญาจ้างของรัฐบาลไทยสิ้นสุดลง ศาสตราจารย์เอลลิสจึงได้เดินทางกลับประเทศสหรัฐอเมริกาเมื่อ พ.ศ. 2481 ใช้ชีวิตบั้นปลายและถึงแก่กรรมเมื่ออายุได้ 85 ปี